20世纪90年代以后,  随着体育商业化程度的加深, 体育领域内出现纠纷的种类和数量都越来越多,国际奥委会与其他体育组织之间也经常出现一些利益上的冲突。在这种情况下,国际体育仲裁法庭要树立自己在国际体育界的权威性,就必须尽量摆脱对国际奥委会的依附, 真正成为一个具有独立性的国际体育仲裁机构。1994年, 国际奥委会和其他一些国际体育组织酝酿对仲裁法庭进行改革, 具体措施是在法庭之上成立一个国际体育仲裁理事会(Intemational Council of Arbitration of Sport)。该理事会由社会知名人士和体育界人士共同组成,任务是保障体育仲裁法庭的独立性以及当事人的权利,在行政管理及财政上负责监督国际体育仲裁法庭。另外,法庭的章程也进行了修改,在人员组成上减少了由国际奥委会指定的人数,而增加了诸如运动员委员会这样的组织指定的人数, 以使这个组织具有更广泛的代表性。在财政上,该法庭也开始接受社会的赞助,而不再仅仅依靠国际奥委会。这些改变有效地加强了这个体育仲裁机构的独立性,使之有可能在国际体育界树立自己的权威。    

    国际体育仲裁法庭也确实为达到这个目的作了很多努力。在1996年亚特兰大奥运会和1998年长野冬奥会上, 该法庭成功地处理了布罗曼坦案和罗斯案,并在处理这两个案件时推翻了国际奥委会医学委员会的处罚决定,维护了运动员的权益。这两个案件堪称国际体育仲裁法庭的代表作。到今天,  国际体育仲裁法庭已经颇有名声,隶属于不同单项联合会的运动员们在因兴奋剂等问题而发生纠纷时已经习惯于上诉到国际仲裁法庭。